罗马帝国试图在中东建立一个缓冲区作为基督教在东方地区边界。这个区域将从格鲁吉亚和亚美尼亚出发，一直扩展到美索不达米亚。为了执行这一计划，罗马把一些亚美尼亚贵族和平民迁移到小亚细亚并强推迦西顿公会议通过的教义。他们希望把这一地区变为一个单纯的罗马行省以保护“基督教的边界”免受塞尔柱的入侵。但事实表明，这一政策产生了完全相反的结果。

塞尔柱突厥人于年开始入侵原属于巴格拉图尼王国的领土。罗马的军事政策使亚美尼亚的定居点失去了防御能力。而塞尔柱人明白，罗马在亚美尼亚各省的力量并没有那么强大。

罗马固执的执行着它的政策。甚至在认识到使徒教会在亚美尼亚社会中的重要团结作用后，皇帝要求宗主教彼得一世前往君士坦丁堡，并禁止他回到亚美尼亚。此外，它还解散了亚美尼亚的骑兵组织，声称他们从国家开支中拿走了太多。这一行为使得亚美尼亚在面对塞尔柱人的入侵时毫无还手之力——没有骑兵，亚美尼亚部队就很难对游牧掠夺者进行有效的反击。不过一些亚美尼亚的伊什坎，特别是是洛里、苏尼克和卡尔的领主还是维持了他们的军队。

塞尔柱的第二次入侵开始于年，罗马决意阻止塞尔柱的侵略，一些亚美尼亚贵族也加入了罗马的军队。然而，盟军没有得到很好的协调，塞尔柱在巴森轻易的击溃了他们。

下一次入侵发生在年，他们围攻了卡尔，试图征服这座城市。尽管没有取得巨大的成功，他们仍然给亚美尼亚造成了巨大的毁灭。

在苏丹阿尔普·阿斯兰（AlpArslan，-）的领导下，从年开始，塞尔柱相继征服了包括阿尼在内的亚美尼亚大部分领土。洛里、卡尔和休尼克的领主向塞尔柱苏丹称臣。阿尔普·阿斯兰把阿尼交给了沙达德家族（Shaddadids），这个家族具有库尔德血统。

罗马帝国试图打败塞尔柱突厥人，在皇帝罗曼努斯四世（RomanosIVDiogenes，-）的带领下他们组织了一次大规模的反击。决定性的战役发生在年的曼齐克尔特（Manazkert）塞尔柱击败了罗马军队，活捉了皇帝。拜占庭不得不签订一项条约，将广阔的领土割让给塞尔柱帝国。

下一个皇帝迈克尔七世（MichaelVIIDoukas，-）在年组织了一次更加失败的军事行动，罗马帝国不得不把亚美尼亚和小亚细亚的大部分地区割让给塞尔柱苏丹国，亚美尼亚成了塞尔柱苏丹国的一部分。

最终，罗马的中东政策完全失败，该地区基督教文明被极大削弱，又一个穆斯林国家在中东获得了霸权。

起初一些亚美尼亚贵族，如洛里和卡尔王国等，仍能维持他们在亚美尼亚的权力。但他们的财产被一步步地蚕食鲸吞。在无力保卫自己的国家之后，卡尔的最后一位国王，佳吉客于年逃往奇里乞亚。

十一世纪末十二世纪初，在亚美尼亚形成了几个穆斯林酋长国，沙达德酋长国统治着阿尼、亚美斯沙阿国（Shah-Armens）统治着南亚美尼亚，甘的扎克阿得贝格（GandzakAtabegs）统治着东北亚美尼亚。亚美尼亚的伊什坎们经常遭到这些酋长国的入侵，失去了大片领土。最终洛里王国于年被消灭，休尼克王国也于年沦陷。在攻陷休尼克最后的堡垒巴格伯德（Baghaberd）后，甘的扎克阿得贝格的军队烧毁了储藏在那里的一万多份亚美尼亚手稿。

在亚美尼亚饱受塞尔柱入侵之苦的同时，作为塞尔柱苏丹国附庸的格鲁吉亚开始增强其经济、政治和军事实力。巴格拉图尼家族的一个分支统治着这个国家，他们希望通过建立一个新的国家系统扩大他们在该地区的政治和经济影响力。逃离祖国的亚美尼亚贵族成了格鲁吉亚的盟友。他们仍有一定的军事实力，希望解放自己的国家，并且认为作为基督教国家的格鲁吉亚是“天然的”盟友。

在大卫四世（DavidIVtheBuilder，-）的统治下格鲁吉亚成为该地区的重要势力。年格鲁吉亚军队赢得了迪多里战役的胜利，成功把塞尔柱人逐出了该地区，后来格鲁吉亚军队又解放了亚美尼亚的前首都阿尼。

根据记载，亚美尼亚人的贸易特权使得他们有机会在阿尼保持自治。年当格鲁吉亚人围困阿尼时，城里的居民决定支持他们。阿尼的沙达德统治者不得不离开这座城市。虽然格鲁吉亚军队进驻了该城市，但它随后就遭到了临近酋长国的入侵。亚美尼亚人民和格鲁吉亚军队坚守了两年，但最终这座城市还是被沙达德家族重新统治。之后格鲁吉亚又收复了阿尼两次，但都没能保住。解放亚美尼亚领土的决定性运动要等到在12世纪末13世纪初。

塔玛尔女王（QueenTamar，-）任命亚美尼亚贵族萨吉斯·扎卡瑞安（SargisZakarian）为格鲁吉亚军队的大将军，并在后者的支持下，组织了针对亚美尼亚的新的解放运动。

塔玛尔女王，格鲁吉亚极盛时代的统治者

决定性的战役发生在90年代，最重要的事件之一是阿姆伯特堡（Amberd,）的收复，这是阿尼和亚拉拉特山谷防御系统的重要一环。格鲁吉亚和亚美尼亚联军在年解放了阿尼，并消灭了沙达德酋长国。很快，他们又在年收复了德芬，解放了亚美尼亚东北部的大部分地区。亚美尼亚人民热烈地支持基督教基督教军队，他们的支持对格鲁吉亚有重大意义。

然而这场解放运动在13世纪的第一个十年结束时停止了。当时联军在亚美尼亚南部的赫拉特城附近被击败（Khlat），同时，由于亚美尼亚南部的亚美斯沙阿国成了埃及阿尤布王朝（AyyubidDynastyofEgypt）的附庸，格鲁吉亚和亚美尼亚联军很难继续推行解放运动。

塔玛尔女王把除了卡尔之外的土地都交给了领导解放的将军们。亚美尼亚的东北部成立扎卡瑞安家族（Zakarians）的领地。他们是格鲁吉亚国王的附庸，但拥真正的自治权，同时也有自己的附庸。扎卡瑞安家族建立的封建体系既有格鲁吉亚的公国同时也包含亚美尼亚的公国。

有时这种体系会导致亚美尼亚文化领域的变化，一部分亚美尼亚贵族成为了格鲁吉亚东正教会的信徒。从本质上讲，这种转变深受政治局势的影响，也只出现了几十年。

扎卡瑞安家族试图发展亚美尼亚东北部的经济。阿尼、德芬和埃里温等城市开始蓬勃发展，成为重要的区域贸易中心。农业和手工业增长强劲。

然而，年，蒙古的入侵再次中断了该国的和平与发展。两万蒙古士兵在克图曼河战役中击败了由乔治四世（GeorgeIVLasha，-）和伊万·扎卡瑞恩（IvaneZakarian）率领的格鲁吉亚亚美尼亚联军，战火给当地造成了巨大的破坏。

蒙古人的下一次决定性战役发生在-年，他们不仅征服了扎卡瑞安及其附庸的土地，也征服了阿尤布王朝和罗姆苏丹国（SeljukSultanateofRum）统治下的亚美尼亚土地。

蒙古人的统治给亚美尼亚造成了巨大的灾难。游牧部落圈占土地，将农耕区转变为草场，破坏了亚美尼亚的农业经济。很多人在战争中丧生，经济形势越来越糟，税收也变得太高。因此，大量移民开始从亚美尼亚流散。海外的亚美尼亚社区越来越大，有些地区甚至建立了新的定居点。

蒙古的征服导致了亚美尼亚伊什坎贵族的衰落。他们中的大部分人都失去了以前的权力，例如，扎卡瑞安家族不得不在年卖掉阿尼，离开他们的祖国。

高额的税收，不时的劫掠入侵以及游牧人口的定居行为逐渐破坏了亚美尼亚的传统人口结构。当蒙古人改信伊斯兰教时，亚美尼亚人受到其宗教政策影响，税收被进一步增加。

蒙古的征服是亚美尼亚衰落时期的开始。与5-9世纪的纳哈拉体系对比，贵族家庭已经明显衰落。一系列的灾难性事件导致亚美尼亚伊什坎贵族的军事力量大为削弱，失去了反抗蒙古统治的可能性。尽管有时也会有亚美尼亚和格鲁吉亚贵族试图起义，但他们都失败了。在封建体系衰落的同时，亚美尼亚人的家园观也在悄然变化。

亚美尼亚中世纪的作者描述了该国各个领域衰落。事实上，只需考虑14-15世纪史学著作的质量，我们也可以感受到这种转变。这些作品失去了从前书籍复杂的结构、深邃的思想和细致的描述，大部分都变成了简单的年表。

亚美尼亚在蒙古的统治下一直持续到14世纪末。年，以塔默兰（Tamerlane，-）为首的突厥—蒙古部落入侵了亚美尼亚。类似的军事行动进行了三次，摧毁了亚美尼亚。根据15世纪的亚美尼亚历史学家梅索普的托马斯（TovmaMetsopetsi，ThomasofMetsop）的说法，塔默兰在亚美尼亚多地（特别是在休尼克和瓦斯普拉坎）组织了大规模的屠杀。民众进行了抵御，但最终无法阻挡侵略者。塔默兰的最后一次入侵发生在年，带来了疾病和饥荒。年，他的帝国在他死后崩溃。

随后，亚美尼亚被土库曼人建立的黑羊王朝统治。它的首领自称“沙阿·伊·亚美”（Shah-i-Arman）意思是“亚美尼亚国王”。

黑羊王朝（Karakoyunlu）的统治一直持续到年，另一支土库曼人——白羊王朝（Akkoyunlus）推翻了黑羊王朝，并建立的对伊朗、亚美尼亚以及周边领土的统治。

土库曼人的统治迫使亚美尼亚人继续从亚美尼亚迁出，而突厥人和库尔德人则迁移到亚美尼亚定居。一小部分亚美尼亚公国如阿尔察赫、休尼克、萨苏（Sasun）和载裔屯（Zeytun）维持着自治。从那时起，亚美尼亚贵族开始被称为梅里克（meliks）。他们有自己的附庸人口、军队和财产，自蒙古统治已降，亚美尼亚开始接受伊斯兰教法统治，亚美尼亚传统封建社会发生了灾难性的崩溃，传统的社会体系也面临严峻挑战。

使徒教会试图利用一些世俗政权的管辖权来维护亚美尼亚的国家利益。一些宗教领袖甚至组织了军队保卫居民和财产，比如塞费迪尼亚家族（Sefedinian）。他们是阿特斯图尼家族的一个分支，在从年开始一直垄断阿格塔玛尔（Aghtamar）的宗主教职务，在15世纪中叶达到了权力的巅峰。主教扎卡瑞安三世（ZakariaIII，-）甚至尝试重建亚美尼亚王国。他在组织军队的同时也试图与土库曼统治者保持良好的关系。他和黑羊王朝的统治者达成了协议，立他的亲属萨巴特为亚美尼亚国王。扎卡利亚的继任者斯捷帕诺斯四世（StepanosIV）在年为萨巴特加冕，但在亚美尼亚的文献里，直到年才提到萨巴特的名字，并且没有任何有关他继承人的记载。这是重建亚美尼亚王国的一次尝试，萨巴特的统治范围局限在凡湖沿岸，而亚美尼亚的传统贵族势力继续衰落。

亚美尼亚的衰落从16世纪开始急剧加速，那时它成了波斯萨法维王朝（Safavid）和奥斯曼帝国（Ottoman）无休止战争的战场。萨法维王朝形成于15世纪，在年攻陷了白羊王朝的首都大不里士（Tabriz）。奥斯曼帝国在年于小亚细亚建立。他们逐渐壮大，攻占了大片过去属于罗马帝国的土地，并在年征服了罗马帝国的首都君士坦丁堡。基督教文明“东部首都”的陷落，在亚美尼亚社会引起了巨大震动。

奥斯曼帝国和萨法维帝国在16世纪初成为中东地区的主要政治势力，相互斗争，争夺地区霸权。第一次战争爆发于年。奥斯曼军队在乌尔米亚湖附近的查尔迪兰击败了由萨法维王朝沙阿（国王）伊斯玛仪一世（IsmailI，-）带领的波斯军队。

两个帝国的战争持续了一个多世纪，直到年祖哈布条约的签订。根据条约，西亚美尼亚成了奥斯曼帝国的一部分，而东部的一小部分——东亚美尼亚属于萨法维波斯。萨法维王朝控制的东部地区成为年重建亚美尼亚国家的基础。

即使在奥斯曼和萨法维战争期间，亚美尼亚人也没有放弃民族解放的斗争，教会仍在试图组织独立运动。宗主教斯捷帕诺斯四世曾设法与罗马教宗、波兰和奥地利当局进行了会晤，讨论解放亚美尼亚的可能途径，但没有展开实质性的军事行动。

巴格拉图尼王朝灭亡之后，大量亚美尼亚人逃离亚美尼亚，在国外建立亚美尼亚社区。在十一世纪时，移民的主要方向是罗马帝国和格鲁吉亚。移民的数量在蒙古征服亚美尼亚后进一步增加，并在奥斯曼与萨非战争期间达到了高潮。中东出现了数千个新的亚美尼亚社区，此外，欧洲也有一些亚美尼亚社区形成。这样的流散一直持续到亚美尼亚大屠杀之后。

考虑到经济、文化和政治原因，亚美尼亚人的移民实际上一种大规模驱逐的表现。最为灾难性的事件发生在年，波斯国王阿巴斯一世把35-60万亚美尼亚人从亚美尼亚放逐到波斯。固然这种放逐促成了波斯境内新亚美尼亚定居点的建立，但也造成了亚美尼亚地区民族构成的迅速变化。一些突厥人和库尔德人部落开始在亚美尼亚定居，在几个世纪里，奥斯曼土耳其持续着他们在亚美尼亚地区扶持突厥和库尔德人聚落的政策，并最终调整为对亚美尼亚人的种族灭绝。

独立国家的灭亡、亚美尼亚贵族的衰落以及种族结构的转变，使得“亚美尼亚”的“边界”发生了变化。从前大亚美尼亚王国的一些地区开始失去其传统的亚美尼亚特性。因此中世纪晚期时常被亚美尼亚史学者称为“衰落时期”。